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Titre RNCP 100% CPF

Master 2ème année Bio-informatique parcours Bioinformatique et génomique environnementale - BGE

UNIVERSITE DE TOULOUSE

8 700 €à partir de
1136 hdurée
1session active
Haute-Garonnelieu

Objectifs de la formation

Ce parcours de master comprend deux années proposant une solide formation disciplinaire en Bioinformatique, Biodiversité, Ecologie et Evolution, pour permettre de générer des connaissances sur le fonctionnement et l'évolution des organismes et écosystèmes, par l'analyse de l'information génétique ou génomique issue du séquençage ciblé et non ciblé, dans un environnement donné.
La première année (M1) correspond à une formation de 60 ECTS, construite sur un ensemble commun d'UE permettant au premier semestre d'acquérir les fondements disciplinaires de la formation en écologie, évolution, biostatistiques, et (bio)informatique. Le second semestre [color=#303030] propose des UE d'approfondissement en génomique environnementale et en bioinformatique pour le traitement des données issues des approches à haut débit, l'extraction de connaissances à partir de grands jeux de données et l'initiation aux analyses d'évolution moléculaire. Deux UE renforcent leur formation en statistiques multivariées.
Deux UE de langues vivantes sont proposées l'une au S1 et l'autre au S2.[/color]
Une UE de projet tuteuré est proposée au S2 étant donné l'absence de stage obligatoire en M1 due à la nécessité de renforcer les compétences disciplinaires. Les étudiant.e.s sont, cependant, fortement encouragés à effectuer un stage en fin d'année universitaire.
La deuxième année (M2) comprend une formation théorique (semestre 3, 30 ECTS) composée de 8 UE. Deux UE portent sur l'introduction (i) aux bases de données et (ii) aux approches d'IA. Deux UE portent sur les approches d'analyse des données de génome et sur le traitement des réseaux biologiques par la théorie des graphes. Une UE aborde l'étude de la relation entre évolution des génomes et adaptation à des environnements différents. [color=#303030]Une UE spécifique porte sur les approches de génomique écologique et des populations, de métagénomique et de paléogénomique, avec pour objectifs d'exploiter des données génomiques de polymorphismes moléculaires d'échantillons populationnels ou environnementaux, et de tester des hypothèses à l'aide de méthodes statistiques descriptives et inférentielles. Les enseignements dans cette UE (cours/TD et d'ateliers) impliquent un travail actif de l'étudiant.e pour approfondir sa formation à la démarche à la recherche et à l'autoformation. La rigueur et la démarche scientifique requises pour réaliser la synthèse de travaux scientifiques et leur présentation sont abordées dans l'UE communication scientifique. Finalement, une UE aborde le développement des compétences transversales nécessaires à une insertion professionnelle réussie.
La formation pratique (S4) consiste en un stage de 6 mois soit en milieu académique, soit en entreprise, en France ou à l'étranger. Il sera validé par un rapport écrit et une soutenance orale en fin d'année.[/color]

Programme

les connaissances en écologie, génétique et évolution pour appréhender les enjeux et tester des hypothèses dans les projets de génomique environnementale.
les démarches pour établir une description précise et robuste de l'information biologique et des interactions possibles dans un environnement donné , pour mieux comprendre la réponse des systèmes biologiques dans un contexte environnement-dépendant.
les connaissances en traitements statistique des grands jeux de données génomiques pour en extraire les informations pertinentes.
les connaissances en bases de données et programmation pour accompagner les projets au quotidien.
des connaissances pratiques par la réalisation de nombreux projets individuels et collectifs en plus d'un socle solide de connaissances théoriques.
l' autonomie nécessaire pour conceptualiser les problèmes liés à l'analyse des données biologiques et pour mettre en place et/ou développer les réponses méthodologiques adaptées pour résoudre la question biologique posée.

Résultats attendus

ompétences
Poser une problématique scientifique soutenue par la documentation bibliographique, en y associant une solution par l'approche et l'expertise de génomique environnementale.
Maitriser les concepts de collecte de données ou d'échantillons, et les protocoles permettant le traitement bioinformatique des données de séquençage générées.
Gérer un système de stockage de données volumineuses et proposer une réponse méthodologique adaptée pour les diverses analyses dans le cadre de projets.
Traiter des jeux de données volumineux de polymorphisme moléculaires (génomiques/ métagénomiques) à l'aide d'outils de modélisation statistique (description, tests d'hypothèses, inférence) et de solutions logicielles.
Apporter son expertise pour l'interprétation des résultats d'analyses dans les études de métagénomique, d'ADN dégradé, de génomique des populations, de génomique écologique et de phylogénomique.
Sur la base des résultats obtenus, rédiger des rapports décrivant la dynamique et les particularités des systèmes étudiés, en y intégrant les aspects fonctionnels et évolutifs, notamment dans des objectifs de prédiction.
Poursuites d'études
À l'UT3
A l'issue de ce parcours de master, les étudiant.e.s peuvent poursuivre en Doctorat au sein de l'Ecole Doctorale Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingénieries (SEVAB)
Hors UT3
A l'issue de ce master, les étudiant.e.s peuvent poursuivre en Doctorat dans une autre université en France ou à l'étranger
Débouchés professionnels
Les Débouchés professionnels sont nombreux, tant dans la recherche académique en bioinformatique, écologie, biologie évolutive, biologie de la conservation et biologie médicale, que dans la recherche-développement en entreprises, par exemple dans le secteur de l'agroalimentaire, de la nutrition humaine et animale, de l'agro-écologie ou de la valorisation des déchets organiques.
Secteur(s) d'activité(s)
Les secteurs d'activités concernés sont larges :
sociétés innovantes (« Start-Up ») de métagénomique
firmes semencières, entreprises tournées vers les biotechnologies végétales
Industrie agroalimentaire
organismes de Santé Publique et de l'Environnement
plateformes technologiques des Génopoles
laboratoires de recherche
Métiers
Ingénieur.e d'études ou de recherche en biodiversité et environnement
Ingénieur.e d'étude de recherche mission en agroécologie
Ingénieur.e d'études ou de recherche en modélisation dans le domaine de la biodiversité
Chargé.e d'études en biodiversité
Chargé.e d'études ennvironnement

Les points forts

A l'issue de ce master, les étudiant.e.s peuvent poursuivre en Doctorat

La certification

MASTER Biodiversité, écologie et évolution (fiche nationale)

RNCP 39185 RS -1 CertifInfo 117067

Organisme & lieu

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